Un patch va modifier ton source tree.
Donc deja , je te conseille de verifier que sans patch , tout ( compil ) est ok meme si ca n'est pas indispensable si tu es à 110% sur de ton patch.
Dans le cas , de patch deja verifiés sur ton systeme, tu peux eventuellement les appliquer directement sur ton source tree.

Ensuite si tu veux appliquer un patch, tu l'appliques. Cela modifie donc le source tree. Tu refais donc un make plus make install, ce qui devrait suffire.
Si entre temps, tu as ajouté une dependance, une lib sur ton systeme, tu peux devoir reprendre depuis le debut, cad au configure.

Francois.